Дар даврони ҷанги дохилии солҳои 1992 -1997 дар Тоҷикистон ҳизби наҳзати исломӣ якҷо бо ҳизби демокрот ва созмони “Лаъли Бадахшон” алайҳи давлату ҳукумат сангар гирифта буданд. Дар авоили соли 1993 Додгоҳи Олии Тоҷикистон фаъолияти ин ҳизбро мамнӯъ кард. Он замон пойгоҳҳои аслии ин ҳизб ва нерӯҳои дигари мухолиф дар Афғонистон воқеъ буд ва онҳо маъмулан дар минтақаи Рашт, дар шарқи Тоҷикистон, бо нерӯҳои давлатӣ даргир мешуданд. Пас аз имзои Мувофиқатномаи сулҳи Тоҷикистон дар моҳи июни соли 1997 шароит барои бозгашти аъзои ҳизби наҳзати исломӣ ба кишвар фароҳам шуд ва дар моҳи августи соли 1999 ин ҳизб дубора ба расмият шинохта шуд. Баъдан фаъолиятиҳои пасипардагии ҳизб идома ёфтанд, ки Вазорати адлияи Ҷумҳурии Тоҷикистон мутобиқи моддаи 20 Қонуни Ҷумҳурии Тоҷикистон «Дар бораи ҳизбҳои сиёсӣ» ба Ҳизби наҳзати исломи Тоҷикистон огоҳинома ирсол намуда, аз роҳбарияти ин ҳизб қатъи фаъолияти ғайриқонуниашро талаб намудаст. Тавре дар номаи мазкур омадааст, мувофиқи моддаи 3-юми Қонуни Ҷумҳурии Тоҷикистон «Дар бораи ҳизбҳои сиёсӣ» ҳизби сиёсии ҷумҳуриявӣ бояд дар аксари шаҳру ноҳияҳо ташкилоти ибтидоӣ дошта бошад.
Мувофиқи санадҳои ба Вазорати адлия воридшуда дар 58 шаҳру ноҳияҳои мамлакат ташкилоти ибтидоии ҲНИ фаъолияти худро қатъ кардаанд. Бинобар ин ҲНИ наметавонад худро ҳизби умумиҷумҳуриявӣ муаррифӣ карда, анҷуман баргузор кунад. Хотиррасон бояд кард, ки чанде пеш роҳбарияти Ҳизби наҳзати исломии Тоҷикистон дар симои Саидумар Ҳусайнӣ ва дигарон бо ҷамъ овардани гурӯҳи журналистон дар як манзили шахсии истиқоматӣ, ба ном нишасти хабарӣ баргузор карда, баёнияи Шӯрои сиёсии ҲНИ-ро эълон намуданд. Мавриди зикр аст, ки сабаби баста шудани қароргоҳи ҲНИ баҳси Кумитаи давлатии сармоягузорӣ ва амволи давлатӣ бо соҳибмулки бино ва ғайриқонунӣ харидорӣ шудани бинои мазкур эълон шудааст. Додгоҳи олии ҶТ рӯзи 29-уми сентябр соли 2015 Ҳизби наҳзати исломӣ (ҲНИ)-ро созмони террористӣ эълон намуд ва фаъолияти онро дар қаламрави кишвар манъ кард.
Фаъолият ва корбариҳои аъзои ҲНИ амалиёти нодуруст буда ба падидаҳои номатлуби онҳо бояд дода нашавем. онхо медонад, ки рушди иктисодиёти Тоҷикистон ичрои нақшаҳои таъминоти иҷтимоию давлатро вусъат бахшида, зиндагию рўзгори мадумро боз ҳам гуворову шоиста месозад
Имрўз ва минбаъд зарурате моро пеш омадааст, ки атрофи сиёсати дурандешона ва ободкоронаю хирадмандонаи Асосгузори сулҳу ваҳдати миллӣ – Пешвои миллат, Пезиденти Ҷумҳурии Тоҷикистон муҳтарам Эмомалӣ Раҳмон бештар аз пештар муттаҳидтар гашта, дар ҷомеаи тоҷикон ин падидаю зуҳуроти номатлубро решакан намоем. вале имруз дигар мардум онхоро шинохтааст ва ба ҳазёниин ҷунунпешагони пойбанди мансабу пул бовар нахохад кард.